[ggtree] 使用自己的数据来给进化树上色

这是个老问题了，在google group被问过（https://groups.google.com/forum/#!topic/bioc-ggtree/4GgivKqVjB8），在github上也被问过（https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/76， https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/105）如此反复提问的问题，我必然是放在FAQ上的，然而很多人都不看，还继续来问，于是写个博客文，再有人来问，我就甩来他们博客，自己看去。

给进化树上色对于ggtree来讲非常简单，不外乎是aes(color=VAR)这样的语法，不管是连续型变量还是离散性变量都是通吃的。

这里的问题是使用用户自己的数据，这当然也没问题，ggtree提供了一个操作符%<+%给用户强插数据！强插了之后，不就又可以aes(color=VAR)了么！

这个问题本身解决方案是有两种的，一种是把用户数据存入到ggtree支持的进化树对象中，然后直接就可以用ggtree来上色了，另一种方案就是上面提到的强插数据。

首先来看一下第一种，这里使用phylobase定义的phylo4d，这个可以拿来存一些数据，而这个对象是ggtree支持的，ggtree几乎支持了其它所有R包定义的进化树类（class)，是R社区里万能的进化树可视化软件哟。

require(ggtree) require(phylobase) set.seed(123)tr = rtree(30)g1 = as(tr, 'phylo4')d = data.frame(color=sample(c('red', 'blue', 'green'), 30, replace=T)) rownames(d) = tr$tip.labelg2 = phylo4d(g1, d)rNodeData <- data.frame(randomTrait = rnorm(nNodes(g1)), color = sample(c('purple', 'yellow', 'black'), nNodes(g1), replace=T), row.names = nodeId(g1, "internal")) nodeData(g2) <- rNodeData

存了这对象之后，一条语句就上色了：

ggtree(g2, aes(color=I(color)))

另一种方法就是纯粹使用ggtree的%<+%操作符，还是使用上面的随机树，强插数据，然后就可以使用数据中的变量来重新上色。

d = data.frame(node=1:59, color=sample(c('red', 'blue', 'green'), 59, replace=T)) ggtree(tr) %<+% d + aes(color=I(color))